為保證PCR實驗結果的準確及可靠性，專業的PCR實驗（比如臨床PCR檢驗實驗室）室有四區隔離（或至少是三區隔離）的要求，常見的三區指的是：

1、試劑配制區：PCR反應體系的配制區域。
       2、標本處理區：包括擴增模板的制備，也就是我們常常提取DNA的地方；
       3、PCR擴增和產物分析區：進行PCR擴增的區域，也是擴增產物進行凝膠電泳分析的區域。
       

此外，如果將PCR擴增區域和產物分析區再次分開，就是四區隔離了。

四區隔離，主要目的是防止氣溶膠在各個PCR區域之間的流動—最好的方法是干脆每個區域隔一幢樓，那肯定是最佳的隔離措施了，但操作起來肯定不現實，于是便有了針對不同區域設置正負壓的方法：

       試劑配制區（Ⅰ區）：最潔凈的區域，保持微正壓使得外界空氣無法進入隔離污染源。并且陰性模板應該在此區加入PCR管并蓋蓋，嚴禁在此區域打開、存放裝有DNA模板的離心管；

       DNA模板添加區（Ⅱ區）：保持微負壓，保證內部空氣不外泄，以免陽性模板的氣溶膠對外界環境造成污染。

       擴增及PCR產物分析區（Ⅲ區）：保持微負壓，使得內部空氣不外泄，以免擴增產物的氣溶膠對外界環境造成污染。操作時遵循Ⅰ區→Ⅱ區→Ⅲ區單一方向進行，不可逆向進行。

對于科研用途的PCR實驗室，如果無法達到嚴格的三區隔離的要求，至少也要做到兩區隔離：即正壓區和負壓區。正壓區實施Ⅰ區的功能，負壓區實施Ⅱ區，Ⅲ區的功能。

      最忌諱也是最可怕的是反過來，在正壓區實施Ⅲ區的功能。PCR實驗室不同區域間的空氣是-互相之間有流通是關鍵所在。

      如果有問，我們的實驗室沒有正負壓的區分，或者是全負壓，全正壓怎么辦呢？那我們的建議是：別怕麻煩，找個遠離Ⅲ區（通俗地講就是打開PCR擴增產物的蓋子區域，比如電泳區）的實驗室當做PCR I區使用，能省掉后續更多的麻煩。

     既然PCR三區隔離的目的是為了阻斷氣溶膠的交流，請注意以下細節，思考一下氣溶膠來自哪里：
     1. 每個區域都應配備專用的移液器，不可交叉混用。
     2. 每個區域都應配備專用的移液器吸頭，不可交叉混用。
     3. 如果條件允許，在PCRⅢ區工作結束后再次進入PCR I區需要更換實驗服、一次性鞋套、帽子、手套。
     4. 在PCR I區、PCRⅡ區配備帶濾芯吸頭。